Для вычета НДС имеет значение, за счет какого бюджета оплачена покупка
В письме от 19.09.2013 № 03-07-11/38849 Минфин России разъясняет, что в случае оплаты основных средств, материалов и животных за счет средств, выделенных из федерального бюджета, суммы НДС вычету не подлежат, поскольку это приведет к повторному возмещению налога из бюджета. Поэтому суммы НДС, ранее принятые к вычету по таким товарам (работам, услугам), следует восстановить на основании пп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ.