Не выставлять счета-фактуры можно по соглашению сторон в электронной форме
В письме от 21.10.2014 № 03-07-09/52963 Минфин России подтверждает, что письменное согласие сторон на несоставление налогоплательщиком счетов-фактур может быть оформлено в электронном виде, если оно подписано электронной подписью или иным аналогом собственноручной подписи.