В Определении ВАС РФ от 21.10.2009 № ВАС-13771/09 в очередной раз подтверждено, что недостача товара, обнаруженная в ходе инвентаризации имущества, к случаям, перечисленным в п. 3 ст. 170 НК РФ (ограниченный перечень случаев восстановления НДС), не относится, и, следовательно, у общества не возникло обязанности по восстановлению принятых ранее к вычету сумм налога в бюджет.
Уже достаточно давно Решением ВАС РФ от 23.10.2006 № 10652/06 были признаны недействующими положения письма ФНС от 19.10.2005 № ММ-6-03/886, согласно которым суммы НДС, принятые к вычету по товарам (работам, услугам), в том числе основным средствам и нематериальным активам, приобретенным для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения, но не использованным для указанных операций, должны быть восстановлены и уплачены в бюджет.
Однако чиновники по-прежнему стоят на своем (письмо Минфина России от 01.11.2007 № 03-07-15/175). Об этом свидетельствует и наличие спора, разрешенного ВАС РФ в пользу налогоплательщика.