При опоздании с подачей уточненки налоговики могут отказать в вычете. Такой вывод сделан в определении ВАС РФ
от 05.10.2011 № ВАС-12785/11. Требования компании, подавшей уточненную декларацию по НДС за 2003 год, были оставлены без удовлетворения. ВАС РФ сделал вывод об утрате обществом права на возмещение НДС, в связи с истечением на момент представления деклараций трехлетнего срока, предусмотренного п. 2 ст. 173 НК РФ.