Если подразделение переплатило
Как указала ФНС России в письме
от 19.11.2010 № ЯК-37-8/15939, организация, имеющая обособленные подразделения в различных субъектах РФ, вправе представить заявление о зачете суммы налога, излишне уплаченной в бюджет субъекта РФ по месту нахождения обособленного подразделения, как в налоговый орган по месту постановки на учет головной организации, так и в налоговый орган по месту нахождения подразделения.