Согласно письму УФНС России по г. Москве от 21.03.2011 №
16-15/026297@ организация, применяющая УСН и прошедшая конкурс на выполнение
госзаказа, обязана уплатить всю сумму, указанную в контракте с учетом НДС.
Налоговики это аргументирует тем,
что законодательство о размещении госзаказов не предусматривает изменения цены
контракта. Уплаченный при этом НДС нельзя включить в расходы.