Если субсидия не от учредителя

Автономные учреждения могут получать субсидии не только от учредителя, но и от других органов исполнительной власти. При этом,   да же если субсидия являются компенсацией фактически понесенных автономным учреждением затрат за предоставление управлению помещения и рабочих мест для оказания последним государственных услуг населению, то такая субсидия не соответствуют понятию финансового обеспечения автономного учреждения, установленному Федеральным законом от 03.11.2006 № 174-ФЗ «Об автономных учреждениях».

Следовательно, данная субсидия не может быть признана средствами целевого финансирования в понятии, приведенном в пп. 14 п. 1 ст. 251 Налогового кодекса, и подлежат учету при определении налоговой базы в общеустановленном порядке.

Такой вывод сделан Минфином России в письме от 02.03.2012 № 03-11-06/2/37.