Вычетам подлежит НДС, уплаченный с расходов по проезду к месту служебной командировки и обратно, в случае, если такие расходы учитываются при исчислении налога на прибыль организаций. При этом, налоговые вычеты производятся не только на основании счетов-фактур, выставленных продавцами при приобретении налогоплательщиком товаров (работ, услуг), но и на основании иных документов в случаях, предусмотренных п.п. 3, 6 - 8 ст. 171 НК РФ.
При этом на основании п. 18 Правил ведения книги покупок применяемой при расчетах по налогу на добавленную стоимость (утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137) при приобретении услуг по перевозке работников к месту служебной командировки и обратно в книге покупок регистрируются заполненные в установленном порядке бланки строгой отчетности или их копии с выделенной отдельной строкой суммой налога на добавленную стоимость, выданные работнику и включенные им в отчет о служебной командировке (письмо Минфина России от 28.03.2013 № 03-07-11/9920).