ФНС России в письме от 05.11.2014 № ГД-4-3/22601@ разъяснила вопросы, связанные с внесением исправлений в электронные счета-фактуры, зарегистрированные в книге покупок.
Указано, что исправленные счета-фактуры регистрируются в книге покупок по мере возникновения права на налоговые вычеты с указанием в графах 15 - 16 положительных значений. В случае ошибочной регистрации счета-фактуры (в том числе составленного в электронном виде) в дополнительный лист книги покупок вносятся аннулирующие записи.
При этом налогоплательщик обязан представить уточненную налоговую декларацию за тот налоговый период, в который были внесены соответствующие изменения в книгу покупок.