В случае, если
денежные средства, полученные организацией от Минобрнауки в рамках выполнения
государственного контракта, не соответствуют перечню средств целевого
финансирования, то данные средства учитываются при определении налоговой базы
по налогу, уплачиваемому в связи с применением упрощенной системы
налогообложения (при ее применении). В соответствии с п. 2 ст. 251 НК РФ при
определении налоговой базы не учитываются целевые поступления (за исключением
целевых поступлений в виде подакцизных товаров). Данный вывод следует из письма
Минфина РФ от 14.04.2011 № 03-11-06/2/56.